Предыстория

Сразу оговорюсь, что под ссылками в Windows я понимаю ссылки в NTFS. В FAT механизмов ссылок, насколько мне известно, предусмотрено не было.

Ядро Windows поддерживает следующие виды ссылок:

• Hard Links — жёсткие ссылки, как в *nix. Доступны начиная с Windows NT4.
• Junction Points — аналог символических ссылок. Доступен начиная с Windows 2000 (NTFS 5).
• Symbolic Links — символьные ссылки. Доступны начиная с Windows Vista.

Если вы никогда не имели дела с символическими и жёсткими ссылками, но хотели бы узнать о них, советую прочитать отрывок из документации файлового менеджера FAR, спасибо хабрачеловеку allemeine. Там говорится только о Hard Links и Junction Points, но этого вполне достаточно. Symbolic Links действуют так же, как и Junction Points, с той разницей, что могут указывать на файлы (и реализованы в Windows по-другому).

Hard Links можно создавать только на файлы, Junction Points — только на директории, Symbolic Links — на файлы и директории. В дальнейшем под «жёсткими ссылками» подразумеваются Hard Links, под «символьными» — Junction Points и Symbolic Links.

Жёсткие ссылки действительны в пределах одного раздела, символьные — могут пересекать границы разделов. В связи с этим символьные ссылки могут поломаться, если структуру разделов поменять.

Не со всем, что поддерживается ядром, умеет нормально работать эксплорер. Будьте осторожны при использовании Junction Points в версиях Windows до Vista. При удалении Junction Point эксплорер может залезть внутрь директории, на которую ссылается Junction Point и поудалять там всё, а затем удалить Junction Point, хотя должен лишь удалить ссылку. Наверняка могут возникнуть проблемы и при перемещении или копировании Junction Point'ов.

Мне неизвестно, нормально ли в версиях Windows до Vista относятся к Junction Points стандартные утилиты типа rmdir.

Дополнительные материалы по теме

Отмечу англоязычную статью, в которой описаны нюансы использования ссылок и некоторые программы, позволяющие с ними работать. Статья устаревшая, так что в ней говорится только о Hard Links и Junction Points (причём на последние в статье нередко ссылаются, как на symbolic links...).

 хорошее описание всех видов ссылок есть ещё в справке по NTFS Links (дополнению для Total Commander, см. ниже).

Софт

Теперь можно перейти к рассмотрению программ для работы со ссылками. Да-да, если вы не пользуетесь FAR (см. ниже), вам понадобятся отдельные программы. Все программы, перечисленные ниже, бесплатны.

Утилиты от Microsoft

Windows >= Vista

В Windows Vista добавили команду mklink для создания символьных и жёстких ссылок

Windows >= 2000

fsutil hardlink create ссылка файл

Создаёт Hard Link на файл (источник).

linkd ссылка директория

Создаёт Junction Point на директорию (источник). Утилита входит в Microsoft Windows Resources Kit.

Расширения для Explorer

NTFS Link интегрируется в Explorer и добавляет во всплывающее меню, появляюшееся после перетаскивания правой кнопкой мыши, пункты «Create junction point» и «Create hard link». Кроме того, она перехватывает вызовы Explorer'а, обеспечивая нормальное перемещение/копирование/удаление созданных ссылок.

NTFS Links (не путать с дополнением для Total Commander, см. ниже) — абсолютно аналогичная программа.
Я рекомендую: Link Shell Extension — аналогичная программа, обладающая расширенным функционалом и очень подробным описанием.

NTFS Links — дополнение для Total Commander

Страница программы  Плагин может запускаться как отдельная программа, вне Total Commander'а.

FAR

Консольный файловый менеджер FAR уже давно поддерживает Hard Links и Junction Points «из коробки». Для создания ссылки используйте сочетание клавиш Alt-F6 ;-)

Junction Link Magic

Junction Link Magic — программа с графическим интерфейсом для создания, изменения и модификации Junction Points.

Junction — консольная программа для создания Junction Points

Junction лучше, чем linkd, тем, что не нужно тащить весь Resource Kit :-)
.